Caractérisation d’un cluster des cas de COVID-19 liés au variant Omicron, en Mauritanie

Auteur/ices

  • Sidi Mohamed Laghdaf
  • Ahmed El Baraa
  • Alia Mohamed Beydjeu

Résumé

Objectif: Décrire le profil épidémiologique et génomique de la COVID-19 au cours de la 4ème vague épidémique, en Mauritanie.
Méthodes: Il s’agissait d’une étude transversale en Mauritanie, du 1eroctobre 2021 au 28 février 2022. Ont été incluses toutes les personnes en instance de voyage, réalisant un RT-PCR, au niveau de l’Institut National de Recherche en Santé Publique (INRSP) et les patients ayant été prélevés, pour séquençage, par les équipes de la Direction de l’Information Stratégique et de la Surveillance Epidémiologique du Ministère de la Santé en Mauritanie.
Résultats: Sur 37574 tests RT-PCR, colligés le 3 Mars 2022 durant la période d’étude, 1465 cas ont été diagnostiqués positifs à la COVID-19 (3,9%), avec une moyenne d’âge de 39±14,6 ans et un sex-ratio de 2,08. Sur les 112 séquençages génomiques réalisés, 75 ont été du variant Omicron (66,9%). L’âge moyen de ces patients a été de 40±15 ans, avec des extrêmes de 15 à 82 ans et un sex-ratio de 0,97. L’état vaccinal a été assuré chez 67,7% des patients et le pic du variant Omicron a été atteint durant la première semaine du mois de janvier 2022.
Conclusion: Le variant Omicron a été prédominant au cours de la 4èmevague de l’épidémie COVID-19 en Mauritanie. Dans le cadre de son plan de riposte, l’installation de nouvelles unités de séquençage de la COVID-19 à l’intérieur du pays et le renforcement de la formation des techniciens en laboratoire de virologie, seront actuellement indispensables.

Téléchargements

Les données relatives au téléchargement ne sont pas encore disponibles.

Références

Coronavirus Internet . cité 19 mars 2022 . Disponible sur:https://www.who.int/fr/health-topics/health-systemsgovernance

Mousavizadeh L, Ghasemi S. Genotype and phenotype of COVID-19: Their roles in pathogenesis. J Microbiol Immunol Infect. avr 2021;54(2):159-63.

Hassanin AA, Haidar Abbas Raza S, Ahmed Ujjan J, Aysh Al-rashidi A, Sitohy BM, Al-surhanee AA, et al. Emergence, evolution, and vaccine production approaches of SARSCoV-2 virus: Benefits of getting vaccinated and common questions. Saudi J Biol Sci Internet . 13 déc 2021 cité 19 mars 2022 ; Disponible sur: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ pmc/articles/PMC8667566/

Mekolo D, Bokalli FA, Chi FM, Fonkou SB, Takere MM, Ekukole CM, et al. Clinical and epidemiological characteristics and outcomes of patients hospitalized for COVID-19 in Douala, Cameroon. Pan Afr Med J. 2021; 38: 246.

Koyama T, Weeraratne D, Snowdon JL, Parida L. Emergence of Drift Variants That May Affect COVID-19 Vaccine Development and Antibody Treatment. Pathogens. 26 avr 2020;9(5):E324.

Jamai Amir I, Lebar Z, Yahyaoui G, Mahmoud M. Covid-19 : virologie, épidémiologie et diagnostic biologique. Option/Bio. juill 2020;31(619-620):15-20.

El Vally A, Bollahi MA, Ould Ahmedou Salem MS, Deida J, Parola P, Basco L, et al. Retrospective overview of a COVID-19 outbreak in Mauritania. New Microbes New Infect. Nov 2020;38:100788.

Chen M, Li M, Hao Y, Liu Z, Hu L, Wang L. The introduction of population migration to Seiar for COVID-19 epidemic modeling with an efficient intervention strategy. Informat Fusion. dec 2020;64:252-8.

Wang C, Liu Z, Chen Z, Huang X, Xu M, He T, et al. The establishment of reference sequence for SARS-CoV-2 and variation analysis. J Med Virol. Juin 2020;92(6):667-74.

Aleem A, Akbar Samad AB, Slenker AK. Emerging Variants of SARS-CoV-2 And Novel Therapeutics Against Coronavirus (COVID-19). In: Stat Pearls Internet . Treasure Island (FL): Stat Pearls Publishing; 2022 cité 19 mars 2022 . Disponible sur: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK570580/

Poterico JA, Mestanza O. Genetic variants and source of introduction of SARS-CoV-2 in South America. J Med Virol. oct 2020;92(10):2139-45.

Tracking SARS-CoV-2 variants Internet . cité 19 mars 2022 . Disponible sur: https://www.who.int/en/activities/ tracking-SARS-CoV-2-variants

Gu H, Krishnan P, Ng DYM, Chang LDJ, Liu GYZ, Cheng SSM, et al. Probable Transmission of SARS-CoV-2 Omicron Variant in Quarantine Hotel, Hong Kong, China, Nov 2021 - Vol 28, Number 2—February 2022 - Emerg Infect Dis J - CDC. cité 19 mars 2022 ; Disponible sur: https://wwwnc. cdc.gov/eid/article/28/2/21-2422_article

Chen J, Wang R, Gilby NB, Wei G-W. Omicron (B.1.1.529): Infectivity, vaccine breakthrough, and antibody resistance. ArXiv. 1 déc 2021;arXiv:2112.01318v1.

Ahmed MLCB, Zehaf S, El Alem MM, Elbara A, Ely Mahmoud MM, Mohamed Abdellahi MV, et al. COVID-19 outbreak in Mauritania: epidemiology and health system response. J Infect Dev Countries. Août 2021;15(08):1048-53.

Torres I, Poujois S, Albert E, Colomina J, Navarro D. Evaluation of a rapid antigen test (PanbioTM COVID-19 Ag rapid test device) for SARS-CoV-2 detection in asymptomatic close contacts of COVID-19 patients. Clin Microbiol Infect. Avr 2021;27(4):636.e1-636.e4.

Diawara I, Benrahma H, Nida M, Rahoui J, Moujid F-Z, Jaras K, et al. A laboratory-based study of COVID-19 in Casablanca, Morocco. J Public Health Afr. 31 déc 2021;12(2):1458.

Abdullah F, Myers J, Basu D, Tintinger G, Ueckermann V, Mathebula M, et al. Decreased severity of disease during the first global Omicron variant covid-19 outbreak in a large hospital in tshwane, south africa. Int J Infect Dis. 1 mars 2022;116:38-42.

Kenu E, Odikro MA, Malm KL, Asiedu-Bekoe F, Frimpong JA, Calys-Tagoe B, et al. Epidemiology of COVID-19 outbreak in Ghana, 2020. Ghana Med J. 2020 Dec; 54(4 Suppl): 5–15..

Wang Y, Liu Y, Liu L, Wang X, Luo N, Ling L. Clinical outcome of 55 asymptomatic cases at the time of hospital admission infected with SARS-Coronavirus-2 in Shenzhen, China. J Infect Dis. 2020 Mar 17 : jiaa119.

Boushab BM, Koné N, Baba SWO, El Mokhtar B, Mohamed JOM, Ahmed MMO, Habiboullah HO, et al. Management of COVID-19 infection in patients undergoing hemodialysis. Pan Afr Med J 2021;38:13.

Krishnan A, Hamilton JP, Alqahtani SA, A.Woreta T. A narrative review of coronavirus disease 2019 (COVID-19): clinical, epidemiological characteristics, and systemic manifestations. Intern Emerg Med. juin 2021;16(4):815-30.

Boushab B, Fall-Malick F, Kelly M, Ould Ahmed Baba E, Ould Sidi Mohamed O, Ould Baba S, et al. Caractéristiques épidémio-cliniques, biologiques et radiologiques des adultes atteints de COVID-19 au centre hospitalier de Kiffa, Assaba (Mauritanie). Rev Mali Infect Microbiol. 31 janv 2021;16(1):25-31.

Achour H, Mokrani D, Yakoub F. Contribution à l’étude épidémiologique de la Covid-19 dans la région de Mémoire de Master . Biskra: Faculté des sciences exactes et des sciences de la nature et de la vie Département des sciences de la nature et de la vie. Université Mohamed Khider de Biskra, 2021.

Update-of-SA-sequencing-data-from-GISAID-17-Dec-21_ Final.pdf Internet . cité 25 mars 2022 . Disponible sur: https://www.nicd.ac.za/wp-content/uploads/2021/12/ Update-of-SA-sequencing-data-from-GISAID-17-Dec-21_ Final.pdf

Brandal LT, MacDonald E, Veneti L, Ravlo T, Lange H, Naseer U, et al. Outbreak caused by the SARS-CoV-2 Omicron variant in Norway, November to December 2021. Eurosurveillance Internet . 16 déc 2021 cité 19 mars 2022 ;26(50). Disponible sur: https://www.eurosurveillance. org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.50.2101147

Maisa A, Spaccaferri G, Fournier L, Schaeffer J, Deniau J, Rolland P, et al. First cases of Omicron in France are exhibiting mild symptoms, November 2021–January 2022. Infect Dis Now Internet . 12 févr 2022 cité 23 mars 2022 ; Disponible sur: https://www.sciencedirect.com/science/ article/pii/S2666991922000367

Espenhain L, Funk T, Overvad M, Edslev SM, Fonager J, Ingham AC, et al. Epidemiological characterisation of the first 785 SARS- CoV-2 Omicron variant cases in Denmark, December 2021. Euro Surveill; 26(50)2021 12.

Jassat W, Karim SA, Mudara C, Welch R, Ozougwu L, Groome M, et al. Clinical Severity of COVID-19 Patients Admitted to Hospitals in Gauteng, South Africa During the Omicron-Dominant Fourth Wave. SSRN J Internet . 2021 cité 20 mars 2022 ; Disponible sur: https://www.ssrn.com/ abstract=3996320

Kim M-K, Lee B, Choi YY, Um J, Lee K-S, Sung HK, et al. Clinical Characteristics of 40 Patients Infected With the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Korea. J Korean Med Science Internet . 7 déc 2021 cité 26 mars 2022 ;37(3). Disponible sur: https://doi.org/10.3346/jkms.2022.37.e31

Padane A, Mbow M, Mboup A, Diedhiou CK, Gueye K, Lo CI, et al. Rapidly rising cases with Omicron in Senegal. New Microbes New Infect. 1 janv 2022;45:100959.

Téléchargements

Publiée

2022-03-04

Numéro

Rubrique

Articles originaux